Espécies autóctones que podem ser encontradas em estuários.
| Grupo | Nome comum | Nome científico |
| Anfíbios | Sapo-comum | Bufo bufo |
| Salamandra-lusitânica | Chioglossa lusitanica | |
| Tritão-de-ventre-laranja | Lissotriton boscai | |
| Aves | Águia-sapeira | Circus aeruginosus |
| Cegonha-branca | Ciconia ciconia | |
| Garça-vermelha | Ardea purpurea | |
| Invertebrados | Alfaiate | Gerris lacustris |
| Camarão-fada | Branchipus cortesi | |
| Libélula-imperador | Anax imperator | |
| Mamíferos | Lontra-europeia | Lutra lutra |
| Toirão | Mustela putorius | |
| Toupeira-de-água | Galemys pyrenaicus | |
| Peixes | Barbo-do-norte | Luciobarbus bocagei |
| Enguia-europeia | Anguilla anguilla | |
| Lampreia-de-rio | Lampetra fluviatilis | |
| Plantas | Amieiro | Alnus glutinosa |
| Lentilha-de-água | Callitriche stagnalis | |
| Ranúnculos | Ranunculus sp. | |
| Repteis | Cágado-mediterrânico | Mauremys leprosa |
| Cobra-de-água-de-colar | Natrix natrix | |
| Lagarto-de-água | Lacerta schreiberi |
Espécies exóticas invasoras introduzidas em habitats estuarinos.
| Grupo | Nome comum | Nome da espécie |
| Anfíbios | Rã-de-unhas-africana | Xenopus laevis |
| Rã-touro-americana | Lithobates catesbeianus | |
| Aves | Pato-de-rabo-alçado-americano | Oxyura jamaicensis |
| Invertebrados | Amêijoa-asiática | Corbicula fluminea |
| Caranguejo-peludo-chinês | Eriocheir sinensis | |
| Lagostim-vermelho-da-Louisiana | Procambarus clarkii | |
| Mamíferos | Ratão-d’água | Myocastor coypus |
| Peixes | Achigã | Micropterus salmoides |
| Gambúsia | Gambusia holbrooki | |
| Siluro | Silurus glanis | |
| Plantas | Elódea-comum | Elodea canadensis |
| Jacinto-de-água | Eichhornia crassipes | |
| Pinheirinho-de-água | Myriophyllum brasiliensis | |
| Répteis | Tartaruga-da-Flórida | Trachemys scripta |
